Директор: Баженов Лев Васильович, доктор історичних наук, професор.
Центр дослідження історії Поділля було створено 1 червня 1995 р. за спільним наказом директора Інституту історії України НАН України академіка В.А.Смолія і ректора Кам’янець-Подільського державного педагогічного інституту професора А.О.Копилова.
Метою роботи Центру є організація і здійснення комплексного вивчення історії та культури Подільського регіону від найдавнішого часу до сьогодення, публікація здобутих результатів та їх впровадження у вітчизняну науку, освіту, культуру, популяризацію надбань матеріальної і духовної культури, сприяння збереженню пам’яток національної історії та культури.
Центр здійснює науково-дослідну роботу, науково-методичну роботу; пошукову, експедиційну роботу; археографічну роботу; міжнародні, всеукраїнські, регіональні наукові конференції, симпозіуми, круглі столи, наради, збори; видання наукових записок Центру, альманахів, журналів, наукових збірників, монографій, книг, брошур та іншої літератури історико-краєзнавчого характеру; співпрацює з магістрантами, аспірантами, здобувачами і докторантами, бере участь у підготовці магістерських робіт, кандидатських і докторських дисертацій, що стосуються історії та культури регіону.
Центр об’єднує пересічно 146 дійсних і почесних членів переважно Хмельницької і Вінницької областей, а також поділлєзнавців з інших регіонів України і зарубіжжя. Функціонують Теофіпольський, Хмельницький, Вінницький, Могилів-Подільський, Меджибіжський відділи Центру. Найактивніші учасники: Копилов С.А., Завальнюк О.М., Смолій В.А., Степанков В.С., Баженова С.Е., Реєнт О.П., Філінюк А.Г., Комарніцький О.Б., Лозовий В.С., Байдич О.В., Блажевич Ю.І., Брицький П.П., Задорожнюк А.Б., Гальчак С.Д., Зінько Ю.А., Калитко С.Л., Кравчук О.М., Олійник С.В., Олійник Ю.В., Михайлик А.О., Прокопчук В.С., Сесак І.В., Стасюк І.А., Трембіцький А.М., Маркова С.В., Олійник М.П., Баженов О.Л., Зваричук Е.М., Задорожнюк В.Л., Фартушняк Ю.А., Хоптяр Ю.А., Нестеренко В.А., Войтенко В.І., Кучеров Г.Г., Опря І.А., Кірик Ф. (Польща), Мушинка М. (Словаччина), Гаврищук А.П., Гуменюк А.О., Добржанський О.І., Дубінський В.А., Скрипник А.Ю., Трубчанінов С.В., Телячий Ю.В., Федьков О.М., Григорчук П.С., Єсюнін С.М., Завальнюк К.В., Стецюк В.Б., Паур І.В., Сидорук С.А., Яблонська Д.Р., Ляскович Р.С., Марчук О.
Центром здійснюється активна робота з підготовки і видання монографій, книг, наукових збірників, посібників. У 2014-2018 рр. під грифом Центру та його сприянні було опубліковано 28 монографій, 119 книг, 64 наукові збірники, 15 навчальних посібників тощо, проведено 77 науково-краєзнавчих форумів. Публікуються періодичні видання: «Краєзнавець Хмельниччини», «Хмельницькі краєзнавчі студії», «Наукові записки Центру Мархоцькознавства», «Освіта, наука і культура на Поділлі», «Меджибіж в історико-культурній спадщині України». Щорічно організовується Подільська історико-краєзнавча конференція, з 2018 р. – Ямпільська конференція.
У 2016-2019 рр. проведено понад 40 науково-краєзнавчих зібрань, за матеріалами практично кожної з яких видано науковий збірник. Опубліковано понад 200 праць, серед яких важливі поділлєзнавчі монографії та книги: Гальчак С.Д. «Герої Вінниччини», «Словом і багнетом. Журналісти Вінничини у Другій світовій війні», Баженов Л.В., Михайлик А. О «Сільське господарство, промисловість і торгівля Правобережної України в ринкових умовах 1861-1914 рр.», Баженова С.Е. «Юзеф Роллє і Україна», Прокопчук В.С. «Пам’яткоохоронна діяльність подільського православного духовенства в ХІХ – на початку ХХ ст.», Трембіцький А.М. «Мовні студії Степана Риндика», «Харитон Довгалюк: журналіст, письменник, священник», Іваневич Л.А. «Кость Широцький (1886-1919 р)»: науковець, освітянин, просвітник, педагог», «Традиційне вбрання українців Поділля: регіональні локальні аспекти», Захар’єв В.А., Шпаковський С.М. «Найдавніші археологічно досліджені християнські святині Хмельниччини», Айвазян О.Б. «Бібліотеки Поділля (друга половина ХІХ – початку ХХ ст.)», Завальнюк О.М. «Подільські вчені й освітяни – незалежній Україні. Персональний вимір: нариси», Михальчишин І.Р. «Археологічна карта межиріччя верхів’я Південного Бугу, Случі, Збруча», Труханова С.Л. «Соціокультурні та політичні процеси у містах Східного Поділля у 1920-х – початку 1930-х рр.», Баженов О.Л., Задорожнюк В.Л. «Володимир Січинський і Україна: монографія, присв. 100-річчю Української революції 1917-1921 рр.», колективна монографія «Історико-культурні,географічні та економічні аспекти розвитку туризму на Хмельниччині», Нагеребецький А. «Храм святого Брата Альберта на землях Княжої Луки», Гальчак С. «Поділля в роки Другої світової війни», Гальчак С. «З любов’ю до Малої Батьківщини. Книга 2», Дорош М. «Село моє і Снивода зі мною… Воронівці: історичні нариси, оповідання», Прокопчук В.С. «Освіта на Дунаєвеччині: від перших шкіл до суспільства знань».