| № | Назва | Факультет/інститут | Науковий керівник |
| 1. | Науково-дослідний центр історії Центральної та Східної Європи
|
Історичний | Боровець Іван Іванович |
| 2. | Центр дослідження історії Поділля Інституту історії України НАН України | Історичний | Завальнюк Олександр Михайлович |
| 3. | Центр соціально-політичних досліджень | Історичний | Маркітантов Вадим Юрійович |
| 4. | Науково-дослідний центр мовознавчих студій | Навчально-науковий інститут української філології та журналістики | Марчук Людмила Миколаївна |
| 5. | Науково-дослідний центр огієнкознавства | Навчально-науковий інститут української філології та журналістики | Рарицький Олег Анатолійович |
| 6. | Центр регіональних досліджень
|
Природничо-економічний | Ящишина Ірина Володимирівна |
| 7. | Центр дослідження природи Поділля
|
Природничо-економічний | Матвєєв Микола Дмитрович. |
| 8. | Науково-дослідний центр вивчення педагогічної та творчої спадщини Миколи Леонтовича | Педагогічний факультет | Печенюк Майя Антонівна |
| 9. | Центр польської мови і культури | Іноземна філологія | Стахнюк Наталія Олександрівна |