| № | Назва | Факультет/інститут | Науковий керівник |
| 1. | Науково-дослідний центр історії Центральної та Східної Європи
|
Історичний | Степанков Валерій Степанович |
| 2. | Центр дослідження історії Поділля Інституту історії України НАН України | Історичний | Завальнюк Олександр Михайлович |
| 3. | Центр соціально-політичних досліджень | Історичний | Маркітантов Вадим Юрійович |
| 4. | Науково-дослідний центр мовознавчих студі | Навчально-науковий інститут української філології та журналістики | Марчук Людмила Миколаївна |
| 5. | Науково-дослідний центр огієнкознавства | Навчально-науковий інститут української філології та журналістики | Рарицький Олег Анатолійович |
| 6. | Центр регіональних досліджень
|
Природничо-економічний | Ящишина Ірина Володимирівна |
| 7. | Центр дослідження природи Поділля
|
Природничо-економічний | Матвєєв Микола Дмитрович. |
| 8. | Науково-дослідний центр вивчення педагогічної та творчої спадщини Миколи Леонтовича | Педагогічний факультет | Печенюк Майя Антонівна |
| 9. | Центр польської мови і культури Кам’янець-Подільського національного університету імені Івана Огієнка | Іноземна філологія | Стахнюк Наталія Олександрівна |
ЦЕНТР СОЦІАЛЬНО-ПОЛІТИЧНИХ ДОСЛІДЖЕНЬ
НАУКОВО-ДОСЛІДНИЙ ЦЕНТР ІМЕНІ М.Д. ЛЕОНТОВИЧА
ЦЕНТР ДОСЛІДЖЕННЯ ПРИРОДИ ПОДІЛЛЯ
НАУКОВО-ДОСЛІДНИЙ ЦЕНТР ОГІЄНКОЗНАВСТВА
ЦЕНТР ПОЛЬСЬКОЇ КУЛЬТУРИ І МОВИ
НАУКОВО-ДОСЛІДНИЙ ЦЕНТР МОВОЗНАВЧИХ СТУДІЙ
НАУКОВО-ДОСЛІДНИЙ ЦЕНТР ІСТОРІЇ ЦЕНТРАЛЬНОЇ ТА СХІДНОЇ ЄВРОПИ